La fédération est gérée par un conseil d’administration comprenant 15 membres élus pour 5 ans par les représentants des 44 Associations Agréées pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique (AAPPMA) du département.
Le conseil d’administration définit les principales orientations de la fédération et prend toutes décisions relevant de son programme établi conformément aux objectifs définis dans ses statuts.
L'équipe salariale se charge de la mise en place effectives des différentes actions afférentes aux orientations défines par le CA.